จากผลการดำเนินงานที่ผ่านมา กองทุนพัฒนาตลาดทุน ไม่เพียงแต่มีบทบาทสำคัญในการช่วยแก้ไขวิกฤตการณ์ตลาดหลักทรัพย์ ในช่วงเวลาดังกล่าวให้ลุล่วงไปด้วยดีเท่านั้นหากแต่ยังมีส่วนสนับสนุนมาตรการต่างๆ ทั้งของภาครัฐบาล และเอกชน ในการพัฒนาตลาดทุนในเวลาต่อมาด้วย การดำเนินการดังกล่าวเป็นผลให้ภาวการณ์ของตลาดหลักทรัพย์มีแนวโน้มดีขึ้นตามลำดับ ทั้งทาง ด้านมูลค่าการซื้อขาย ระดับราคาหลักทรัพย์ ตลอดจนความสนใจของนักลงทุนที่เพิ่มขึ้น จึงนับได้ว่าการดำเนินงานของกองทุนพัฒนาตลาดทุนได้บรรลุวัตถุประสงค์ที่ตั้งไว้ ดังนั้น คณะกรรมการกองทุนจึงพิจารณาให้ยกเลิกกองทุนพัฒนาตลาดทุน และจัดสรรกำไรจากการเลิกกองทุนไปใช้ในการสนับสนุนและพัฒนตลาดทุนของประเทศในลักษณะที่เหมาะสมต่อไป บทบาทของกองทุนจึงได้สิ้นสุดลงอย่างเป็นทางการตามคำสั่งของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังลงวันที่ 12 มิถุนายน 2532 ส่วนการชำระบัญชีของกองทุนเสร็จสิ้นลงเมื่อวันที่ 25 กันยายน 2535

หลังจากผู้ชำระบัญชีได้ดำเนินการตามขั้นตอนของข้อตกลงการก่อตั้งกองุทนเพื่อชำระบัญชีขั้นสุดท้ายปรากฎว่ากองทุนพัฒนาตลาดทุนมีเงินคงเหลือ 496.38 ล้านบาท ซึ่งตามข้อตกลงให้อยู่ในดุลพินิจของคณะกรรมการกองทุน ที่จะใช้จ่ายไปในทางที่ก่อประโยชน์แก่การพัฒนาตลาดทุน หรือแก่การอื่นใดในทำนองเดียวกัน คณะกรรมการกองทุนจึงได้จัดสรรเงินคงเหลือดังกล่าวเป็น 2 ส่วน กล่าวคือ ส่วนแรกจำนวน 200 ล้านบาท จ่ายให้แก่สำนักงานคณะกรรมการกำกับหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ (กลต.) เพื่อเป็นทุนประเดิมตามพระราชบัญญัติหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ พ.ศ. 2535 และส่วนที่สองจำนวน 296.38 ล้านบาท จ่ายให้แก่มูลนิธิกองทุนพัฒนาระบบตลาดทุน ซึ่งจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 14 มกราคม 2535 โดยมีวัตถุประสงค์สำคัญเพื่อส่งเสริมและสนับสนุนการพัฒนาตลาดทุนและระบบการเงินของประเทศไทย